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克隆战争已经进行了三年，共和国即将胜利，分裂联盟的格非特将军和杜库伯爵（克里斯托弗?李 Christopher Lee 饰）劫持议会首相帕尔帕庭（伊恩·迈克蒂安米德Ian McDiarmid 饰）潜逃
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第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁母体，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于母体和真实世界的中间地带，这个地方由火车人控制。墨菲斯（劳伦斯·菲
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第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨
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上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的救世主，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们