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在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。
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年轻的无业者结城理久彦（藤原龙也 饰）为了工作伤尽了头脑，偶然机缘，他结识了美丽的女孩须和名祥子（绫濑遥 饰）。在对方的启发下，结城报名参加了一个时薪高达11万日元的实验。与之一同参加实验的还有祥子、
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在一口封闭了三十多年的枯井里，发现了高山龙司（真田広之 饰）以及失踪已久的贞子（伊野尾理枝 饰）的尸体。经法医鉴定，贞子死亡的时间不过1、2年时间，即她在枯井下存活了三十年之久。为了追究恋人的死因，高
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